协议出让方式取得土地使用权后再转让业务，是指房地产开发企业未按照正常程序，从事房地产开发和经营，协议出让方式取得开发用地后再转让的业务活动。
在2002年7月1日以前，国家尚未推行土地储备制度，土地一级市场交易方式主要是通过协议出让方式。房地产开发企业在协议出让土地方式下，会出现两种特殊交易情况：一是应登记未登记而未取得土地使用权证书。由于种种原因，开发商在协议出让方式取得土地后，未按规定的程序缴纳出让金，办理土地使用权登记手续。这项交易的特点是开发商能办登记却不办登记，造成取得了不完整的土地使用权。二是申请登记不能登记而未取得土地使用权证书。开发商协议出让方式刚刚取得土地，由于政策变化，国家停止办理土地使用权登记手续。这项交易特点是开发商想办登记因停办登记，造成取得了不完整的土地使用权。
交易的共同点是：开发商取得的不完整土地使用权，必须通过“招、拍、挂”程序，取得完整土地使用权或转让土地使用权。
纳税主体认定的形式和实质条件
房地产特殊开发业务纳税主体的认定条件，一是形式条件，是指土地使用权出让协议、付款结算单证、收款收据发票等书面形式证据；二是实质条件，是指受让人对土地使用权取得直接支配的物权，换句话说，是指受让人对土地使用权享有占有、使用、收益、处分的权利。这项物权是限定物权，是他物权，是不动产物权，是用益物权。
出让协议解决了土地使用权的流转关系问题。开发商对以协议方式取得的土地，从实质上讲，就是取得该项土地的物权。这项物权解决了两个实质问题，一是土地使用权的归属，二是土地使用权的利用。尽管开发商没有取得土地使用权证书，但是这并不能改变开发商实质上已拥有土地支配权的事实，根据实质重于形式的原则，对于以协议出让方式取得土地使用权后再转让的开发商，应确认为土地增值税的纳税主体。
纳税主体认定的交易条件
协议出让方式取得开发用地后，通过“招、拍、挂”方式或其他方式再次转让的特殊交易开发商，是否认定为土地增值税纳税主体，还应注意以下的交易条件。
（一）交易行为，该开发商是有转让行为的主体
发生了转让国有土地使用权、地上建筑物及其附属物行为的单位和个人。土地增值税对转让行为征税；对出让、出租等非转让行为不征税。
该开发商协议出让方式取得开发用地后再转让土地使用权，是该开发商从政府手中取得土地使用权或从其他土地使用者手中取得土地使用权后，将土地使用权再转让给其他土地使用单位或个人的行为。该行为，属于土地增值税的应税行为。
（二）交易客体，该开发商转让的是国有土地使用权
土地增值税对转让国有土地使用权征税，转让非国有土地使用权不征税。国有土地是指由法律规定属于国家所有的土地。对集体土地，按照现行规定，应先由国家征用后才能转让。
该开发商协议出让方式取得开发用地后再转让土地使用权，是转让国有土地权的行为。该行为，属于土地增值税的应税行为。
（三）交易结果，该开发商取得土地使用权转让增值收入
取得国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物转让增值收入的单位和个人转让房地产的，对转让后取得的增值收入征税。
该开发商协议出让方式取得开发用地后再转让土地使用权，转让后，取得了增值收入，就应缴纳土地增值税。
