农业税计税价格不合理。在各地的税费改革实践中，农业税的计税价格一般依据各地主产粮食品种的粮食定购（保护）价格和市场价格综合确定，这种计税价格是不合理的。比如在2000年就已经全面推开税费改革的安徽省，在改革之初，确定主产稻谷地区农业税计税价格为114元/百公斤，主产小麦地区计税价格为122元/百公斤，全省平均的计税价格为118元/百公斤，当时的计税价格与粮食价格基本一致。但是由于粮食市场价格的持续下跌，目前安徽省农业税的计税价格已经明显高于市场粮食价格，在这种情况下，如果不下调计税价格，将会使农民的实际税负高于名义税负，不利于农业税在农村的征管；但如果下调价格，则会产生新的财力缺口，因此，农业税的计税价格本身的不灵活影响了农业税的公平性，从而使它难以成为主体税种。
农业税把常年产量作为计税依据之一，但是常年产量难以评定。首先，统计数据有失准确，有关部门上报的常年产量偏高，难以落实。比如广西自治区批复北流市计税常年产量为800公斤/亩，主要依据是北流市是吨谷市，但经过一年的反复论证，全市平均计税常产无论如何也达不到这一标准。农民普遍认为常产偏高，税负过重，不愿接受。其次，以村为单位确定常产，出现了地处平坦地区的村民小组与地处山区的村民小组、水田与旱地、一造地与两造地常产相同的现象，农民认为不公平，不愿签字认可。最后，随着自然条件和生产条件的变化，一部分耕地已由水田变为旱地，产量下降很大，常产难以落实，计税依据很不充分。
农业税计税面积难以确定。在各地的改革实践中，农业税计税面积一般以二轮土地承包面积为计税依据，但这样带来了许多操作上的困难：首先，二轮土地承包手续不完善，有的基本落实，有的落实了部分，有的根本没有落实，因此，以二轮承包为计税依据难以操作执行。其次，如果要重新核实土地面积，又要受一轮土地承包的限制。一轮土地承包时，部分村组是以粮食产量定田亩的，因此，要重新核实实际土地面积，工作量巨大，难以开展。再次，以二轮土地承包为依据，仍旧存在“有地无税，有税无地”的情况，比如因自然灾害原因不能复耕的耕地就属于有税无地的情况，而私人建房占用耕地、没有办理占地手续的则属于有地无税的情况。
